Công văn của cục thuế Hải Dương vào năm 2023 đưa ra một quan điểm khá khác biệt về thời điểm mà Doanh nghiệp chế xuất được hưởng các ưu đãi về thuế Giá trị gia tăng như là các nhà cung cấp sẽ xuất hóa đơn 0% cho Doanh nghiệp chế xuất nếu thỏa mãn các điều kiện như hàng hóa dùng trong khu chế xuất và dịch vụ tiêu dùng trong khu chế xuất.
“Trường hợp Công ty TNHH NANOFILM TECHNOLOGIES Việt Nam thực hiện dự án đầu tư mới, đã đăng ký trên Giấy chứng nhận đầu tư là Doanh nghiệp chế xuất. Trong thời gian Cơ quan Hải quan chưa kiểm tra thực tế điều kiện kiểm tra, giám sát hải quan thì không được hưởng các ưu đãi về thuế áp dụng đối với doanh nghiệp chế xuất theo quy định.”
Mình xem xét công văn của cơ quan thuế Hải Dương và nhận thấy nội dung không rõ ràng về câu hỏi cũng như bối cảnh của công ty đã nộp văn bản yêu cầu giải đáp. Ngoài ra, Công văn này đưa ra các phản hồi có thể chưa rõ ràng khi cơ quan thuế chỉ nêu rằng công ty phải xuất hóa đơn khi bán hàng hóa, kê khai và nộp thuế theo mức thuế suất giá trị gia tăng hiện hành và nộp tờ khai thuế. Trong khi đó, cơ quan thuế không đề cập cụ thể việc bán hàng này là bán trong nước hay xuất khẩu. Nếu là bán trong nước, theo quy định, doanh nghiệp chế xuất (EPE) phải xuất hóa đơn GTGT với thuế suất tương ứng. Đúng theo quy định, tại điểm 3c, Điều 7, Nghị định 126/2020/NĐ-CP, doanh nghiệp chế xuất không phải nộp báo cáo thuế nếu chỉ có hoạt động xuất khẩu.
Liên quan đến thời điểm để doanh nghiệp chế xuất áp dụng các chính sách ưu đãi thuế, nếu tra cứu có thể tìm thấy một công văn khác của cơ quan thuế Hải Dương vào năm 2024 (tức là sau thời điểm của công văn nói trên) và công văn này đưa ra quan điểm rõ ràng hơn khi nêu rõ:
“Trường hợp Công ty TNHH Valqua Việt Nam đăng ký mục tiêu đầu tư thành lập Nhà máy Valqua Việt Nam tại Khu công nghiệp Phúc Điền mở rộng, đã nộp cam kết về khả năng đáp ứng điều kiện kiểm tra, giám sát hải quan và được cơ quan đăng ký đầu tư cấp Giấy chứng nhận đăng ký đầu tư ghi nhận mục tiêu thành lập doanh nghiệp chế xuất thì công ty được hưởng các ưu đãi đầu tư và chính sách thuế áp dụng đối với khu phi thuế quan kể từ thời điểm mục tiêu thành lập doanh nghiệp chế xuất được ghi nhận trong Giấy chứng nhận đăng ký đầu tư.”
Ngoài ra, theo Nghị định 35/2022/NĐ-CP về quản lý khu công nghiệp, có quy định rằng:
“Điều 26. Quy định đặc thù áp dụng đối với khu chế xuất và doanh nghiệp chế xuất
Hồ sơ, thủ tục, quy trình thành lập doanh nghiệp chế xuất:
a) Trường hợp việc thành lập doanh nghiệp chế xuất đồng thời với việc nộp hồ sơ xin cấp Giấy chứng nhận đăng ký đầu tư (IRC), nhà đầu tư phải nộp kèm cam kết bằng văn bản xác nhận khả năng đáp ứng điều kiện kiểm tra, giám sát hải quan theo quy định của pháp luật về thuế xuất nhập khẩu. Cam kết này phải nằm trong hồ sơ xin cấp IRC theo quy định của pháp luật đầu tư.
Cơ quan đăng ký đầu tư sẽ cấp Giấy chứng nhận đăng ký đầu tư và ghi nhận mục tiêu thành lập doanh nghiệp chế xuất trong giấy chứng nhận khi cấp IRC.”
Do đó có thể hiểu rằng để Công ty chế xuất được cấp Giấy chứng nhận đăng ký đầu tư với tư cách doanh nghiệp chế xuất, công ty mẹ là nhà đầu tư đã nộp các tài liệu yêu cầu, bao gồm “cam kết bằng văn bản về khả năng đáp ứng điều kiện kiểm tra, giám sát hải quan” cho cơ quan cấp phép như một điều kiện tiên quyết.
Các công ty cũng có thể tham khảo Công văn từ Cục Thuế tỉnh Quảng Ninh với nội dung hướng dẫn tương tự:
Công văn 4438/CTQNI-TTHT Cục Thuế tỉnh Quảng Ninh về chính sách thuế giá trị gia tăng đối với doanh nghiệp chế xuất:
“Căn cứ các quy định nêu trên, Chi nhánh được áp dụng chính sách thuế GTGT đối với khu phi thuế quan kể từ thời điểm mục tiêu đầu tư thành lập doanh nghiệp chế xuất được ghi nhận trong Giấy chứng nhận đăng ký đầu tư, Giấy chứng nhận đăng ký đầu tư điều chỉnh hoặc Giấy xác nhận đăng ký doanh nghiệp chế xuất do cơ quan đăng ký đầu tư có thẩm quyền cấp.”
Dựa trên các quy định và hướng dẫn từ cơ quan thuế nêu trên, có thể hiểu rõ ràng rằng Công ty sẽ được hưởng các chính sách ưu đãi thuế áp dụng cho doanh nghiệp chế xuất kể từ ngày Giấy chứng nhận đăng ký đầu tư có hiệu lực.